使用環境に関しての記述がないので、汎用的な説明をさせていただきます。
ワールドを保存しているデータは膨大で、何百万個のブロックに、宝箱の中身やイベントのフラグなど、大量の情報を保持しています。
そのためセーブには時間が掛かり、この間に何らかの障害が発生するとセーブデータに欠陥ができ、ワールドの読み込めないなどの事態が起こります。
一度壊れてしまうと、バックアップで復元できない限り、修復することはできません。
万全を期するためには、こまめなバックアップをとり、異変に気が付いたらセーブせずに終了、
オートセーブは切っておき、ポーズメニューからセーブする際は完了するまで触らない事を心がけましょう。(※あくまで万全のため)
なお、破損やフリーズが頻発する場合は、ハード機側の劣化等が原因である可能性があります。
この場合は買い替え等を検討してみてください。