仕様(但しコンソール版のみ)です。
現バージョンではデストロイヤーのドロップアイテムは「討伐時に頭部があった場所」にポップします。
そのためデストロイヤーを倒してドロップアイテムが見つからないとなったときには戦闘を行った場所の近くを掘り返してみると見つかることがあります。
ですがどんな状況でも確実にドロップアイテムを拾えるようにする方法が現バージョンには存在しないため、討伐する場合は残りHPに気を配りましょう(部位が多くあり、それぞれ個別にダメージが入るため、思った以上に与ダメは大きくなります)。