分かった事があったので報告します。
高さ2ブロックの段差に隣接した状態でNPCが止まった際に発生、段差をジャンプで越えられず、地面に埋まる。
ハンマーで原因のブロックを変形させると直ります。
一番再現するのに早い方法は、NPCが進む先に 2×2 の穴を掘ることです。
ちなみに、NPC以外にも中立NPC(生物)でも同様の現象を発生しました。
※文中の雑草とは、草の生えたブロックから生える、攻撃で刈ることが出来る草を指します。
遅いのではなく、全く育ってませんでした。 原因はしんくのくさにあるようです。
通常、どんぐりを植えた左右2ブロックに、雑草以外のオブジェクトがあると木が育たないのですが、
しんくの草の雑草は何故かオブジェクト扱いされており、定期的に雑草を刈らなければ、木は育ちません。
(星が落ちて勝手に雑草が刈れる事がある。周りの雑草を刈れば木は育つので、これが理由で遅いと感じていた。)
ノーマルモードのしんくの草が他の草を侵食しないという性質(バグ)を利用し、
どんぐりを植えたしんくのくさの隣のブロックを別の草に置き換えてみました。
一晩で育ちました。
ハンマーで隣のブロックを変形させ、雑草が生えないようにしても同様に育ちました。
逆に普通の草の隣をしんくの草にしてみました。
普通の木でも、しんくの雑草が生えているとやはり育ちませんでした。