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このまま投稿を行った場合、使用中のIPアドレスがこのページの編集履歴に記録されます。3DS版は持っていないので、Vita版で試した範囲で書かせていただきます。（もう解決しているかもですが…）
まず海の水ですが、一度水抜きした後に再び水で満たした場合でも、海固有のモンスターは湧きます。
次に海自体の高度ですが、背景に海が見える位の高度ならば問題ないと思います。
（深すぎると地下固有の背景に変わりますが、これは試していません）
敵は地面（海底）の上に直接出現するというよりは、その上の空間（水中）自体に湧くため、海の水は多い方が敵が出現しやすいです。
少なくとも横2画面分、縦1.5画面分くらいは水で満たした方が良いかもしれません。
Tipsにある「水＆溶岩の増やし方」を参考に、ポンプを併用すると簡単に水を増やせるのでお勧めです。
また、海の敵の出現に限り、自分がある程度の深さの水（最低でも動きが制限される程度の深さ）に浸かっている必要があります。
ありがとうございます。 名無しですがこの項目を作った者です。 実はやや解決しましたが、Lenoさんのおっしゃる方法で良い様でした。 海マップの手前に堤防を作り、地表よりも水をやや高く上げられる状態にして、ポンプとブロックを使って水を増殖させたところ、海が復活しました。 なお、海が海として認識されるまでの間は、マップ外に海水が「ない」状態と見なされるらしく、一番端の箇所に壁を立てておかないと水を入れようとしてもそっちにじゃんじゃん漏れてしまい、いつまでも水がたまりませんでしたし、ある程度水が溜まったところで壁を撤去したところ、水が全部こぼれてしまい、元の木阿弥になってしまいました。 一番端の壁をしっかりと立てて、底に砂を敷いて水を十分に入れたところ、サメなどの海特有モンスターが復活しました。 なおその状態だと「マップ外にも同等の水がある」状態になんらかの理由で変わるっぽいのか、マップ外への壁を撤去しても水が無くなってしまうことはありませんでした。 ありがとうございました。
海が復活したようで何よりです。
実はマップの左右（のブロックがある部分）と下の画面外にもブロックが存在しています。
海の水も外側まで続いているので、そこから敵が出てきたり、なんてことも。
また、そのブロックを壊すことで水や溶岩などを流し込むことも出来るので、地獄の溶岩の水位を下げたい時等には活用できます。（どんな時だ？）