スレッド履歴 - PS4/PS3/PSVita/Nintendo3DS/WiiU版テラリア攻略wiki

状況から見て、仕様です。

落ちているアイテムが一定数以上の個数(公式によると400個)に達してしまうと、古いアイテムから消えていきます。
これはモンスターのドロップだけではなく、ブロックを壊した時や、持ちものから外に出した場合なども含まれます。

自分の経験では放置していた場合、環境にもよりますが、約1時間で最大数に達します。
うみの場合は、ピンククラゲが大量のライトスティックを落とすので、定期的に掃除しなければならないかもしれません。

もしくは、トラップにようがんを用いている場合は、
かいぞくのちずのレア度が「白」のため、溶岩に溶けてしまったという可能性も考えられます。

低い水位ではアイテムは溶けませんが、サメトラップの場合、処理する空間の手前で溶岩によって倒された際にアイテムが焼失します。
この場合は対策しようがなく、運が悪かったとしか言いようがありません。