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3DS版ver1.0.1にてトカゲぞくのさいだんよりゴーレムを召喚したところ、祭壇の上にいくつか配置したもくざいが消滅したのを確認しました。
もしやと思い、それと同じ位置に再び木材とその上にトカゲぞくのたからばこを設置して中にアイテムを入れ、ゴーレムを召喚したところ箱の乗っていたブロックが消滅して箱が空中に浮いたままでした。そして箱の周りにブロックを設置したところ、案の定、箱が増殖したのを確認しました。箱は周り(土台となる部分以外)でブロックの設置・破壊を行った際に増殖しました。
3DS版ではPS版などとちょっと違った手順には成りますが、箱増殖の方法が判明したためバグとともに書いておきました。
なおこのゴーレムによるブロックの消滅の範囲がどこまでなのかは未検証です。