3DS版は持っていないので、Vita版で試した範囲で書かせていただきます。（もう解決しているかもですが…）
まず海の水ですが、一度水抜きした後に再び水で満たした場合でも、海固有のモンスターは湧きます。
次に海自体の高度ですが、背景に海が見える位の高度ならば問題ないと思います。
（深すぎると地下固有の背景に変わりますが、これは試していません）
敵は地面（海底）の上に直接出現するというよりは、その上の空間（水中）自体に湧くため、海の水は多い方が敵が出現しやすいです。
少なくとも横2画面分、縦1.5画面分くらいは水で満たした方が良いかもしれません。
Tipsにある「水＆溶岩の増やし方」を参考に、ポンプを併用すると簡単に水を増やせるのでお勧めです。
また、海の敵の出現に限り、自分がある程度の深さの水（最低でも動きが制限される程度の深さ）に浸かっている必要があります。