原因やいつ頃から起こったのか分かりませんが、むしとりあみを振るとホタルが出現するようになりました。 同じような症状に陥った方はいらっしゃいますか？当方vita版でプレイしております
ver1.24のときから同じ種類のバグの発生を確認していました。自分がプレイしているのはPS3版です。
はっきりと覚えているのは次のケースです。
・つちブロックから「とり」が出現、1匹出現する度にブロックを1個消費
・つちブロックから「カタツムリ」が出現、1匹出現する度にブロックを1個消費
・からのバケツから「カエル」が出現
・グリーンレンチから「アヒル」が出現、さらにワイヤーカッターから「マガモ」が出現
出現するのは中立生物だけのようです。アヒルとマガモが出現したときに、出現数（正確には一度に存在できる生物の数？）に限度があることを確認。 2種合わせて129匹出現させるとそれ以上レンチやカッターを振れなくなりました。数が減ると再び129匹まで増やせました。自キャラの周囲に自然湧きしている生物の数も関係あるかもしれません。