状況整理のために何点か確認させてください。
地下の小部屋や浮き島等、予期せぬ場所に引っ越してきている場合もあります
まず無いとは思いますが、バクによって【メカニック救出】が無かったことになっていませんか？
データ破損の場合は復旧しない可能性が高い
同じ状況になった事がないため、あまり具体的なアドバイスが出来なくてすみません。メカニックから買い物をしたい場合は、違うワールドのデータでメカニックを住ませる→買い物をする→セーブして元のワールドに入り直す、という風にしてみてはどうでしょうか。