状況説明有難うございます。
そうですね、まずは利用者:飛べないカモメ様の説明にあるとおり、①を実行してみてください。特にしたてやの「女性を縛ってうんぬん」の台詞が復活していれば、システム上はメカニック未救出になっていると思われます。
時系列的に、他ワールドのエラーが関係していないとは言い切れないところですが、これが原因の場合はお気の毒ですがどうにもなりません。
ダンジョンの謎のブロックに関しては初耳です。後学のためにも、可能でしたら画像を見せていただけませんか？
対ボス戦でNPCがごっそりやられてしまった場合、一日で引っ越してこられる数に上限があるようなので(過去の経験談です)、無事に戻ってくることをお祈りしています。
※余談ですがパンプキンムーンもNPCが巻き込まれやすいのでお気をつけください(バトルフィールドと居住地の距離を置いても面白いくらいに巻き込まれていきました)