公式Wikiでは3DS以外もそのように記載されているみたいですね。
まだ詳しく検証した訳ではありませんが、PS3版ではボスを倒す前にはライフフルーツを確認してしません。
ボス1体を倒している時点ではライフフルーツの出現を確認しました。
少なくとも、全てのメカニカルボスを倒した後というのは誤りです。
過去スレッドにも、3DS以外でボスを倒す前という報告はありません。
Thread:ノート:質問掲示板/ライフフルーツの取得時期について
ただ3DS版ではボスを倒す前と思われる記述がありました。
Thread:ノート:質問掲示板/ライフフルーツについて