ムテキハンマーを入手済みならハードモードに突入しているはずなので、そのハンマーで壊せるはずなのですが。
念の為に、次のことも試してみて下さい。
1. まずはハードモードであることを確認。（マップを開いて、新たに不浄や聖域が出現していればハードモードです）
2. 次に基本で、マニュアルモードでカーソルを祭壇に合わせてムテキハンマーで攻撃してみる。（オートだと壊せないことがあるので）
3. 他の祭壇で試してみる。
4. ハードモード後にセーブ済みなら、1度Vitaの電源を切ってみる。（セーブしていないなら、ウォールオブフレッシュ戦前からやり直すという手もあります）
2については、祭壇を壊せるのがムテキハンマー以上のハンマー限定なのですが、私も以前祭壇を壊そうとして壊れなかったことがありおかしいなと思ったら、ツルハシで攻撃していたという事がありましたので…
私が思い付くのはこれ位ですね。これでダメなら、バグ...なのかなぁ