私もデータが消える問題が発生してますが、調べてみたところ3DS版には有効な対策が無いようです。 なので現状では質問者様の方法くらいしか対策方法が無いと思われます。 対策に当たるかどうか分かりませんが、それが嫌だったので私はPSvita版でまた一から始めることにしました。 SONYのゲーム機版ならバックアップがとれますので。 データ破損ご愁傷様です。