PS4での検証ありがとうございます。
ガイドがら教えてもらえないレシピは
△ボタンを押した時の素材が、複数の素材(互換品)を指している時に発生します。
確認しているのは
もくざい類、てつのインゴット類全てと、まもりのポーション、あつりょくばんレールの二つのレシピのみです。
ナイトエッジ、たたかいのポーション、たんけんかのポーション、魚料理(サシミ)などは、それぞれ別のレシピとして用意されています。
バグ・小ネタ等のページにもありますが、これらのレシピは、両方登録されているとレシピが切り替わるというバグがあります。
きかいのワームについても、「せきついを使うクラフティングを行うと、くさったにくを使うレシピに切り替わる」と書いてあります。
基本的には、1.2アップデートにより追加された素材(しんくの大地など)→初期から存在していた素材(じゃあくな大地など) に切り替わります。
これらの素材は全てワールド生成時に片方しか生成されないアイテムを使うので、別のワールドを探索していないキャラでは発生しません。
…もっとも、なまりこうせきが生成されたワールドで、ガイドから教えてもらえないのは致命的なバグですが。
じゃあくなキンギョに関して再検証しようと、さかなのせきぞうを地下から持ってきたのですが、
ブラッドムーンと雨がまだ同時に来ません。
しかし、さかなのせくぞうを探している間、新たなバグを確認しました。詳細はまだ確認中です。