もしかしてまだハードモード入ってなかったり、地上で集めたりしてませんか？
やみよのソウルのドロップ条件は「ハードモードである」ことと、「邪悪か真紅の大地に汚染された地下」であることの両方を満たしていないと出現しません。
地上でいくら倒したとしてもドロップしないので注意。