前の大型アップデート以降(フロストムーン追加がされたバージョン)から原因不明のデータバグ(データが消える・データの破損率上昇)などが起きやすくなっています。
データの破損原因としてよく上げられるのが液体の大量移動、その最中のセーブ。
動きながらのセーブなども意外にデータが壊れやすいです。
結論を言うと、理由はよくわからないけどオートセーブを切って、こまめに止まってセーブを。
そしてある程度の周期でバックアップを取ること。
壊れたデータを０から修復できる手段は今のところ無いのでバックアップは絶対に取りましょう。