3DS版でボスがトロフィー等をドロップしないという報告は過去にありませんが、
ドロップ率が10体倒して1個位の確率なので、もう何回か戦ってみたらどうでしょうか？
何十体やっても落とさない場合はまた報告ください。
なお、そうがんきょうはクトゥルフのめだまを100体倒しても落とさない程、ドロップ率が低いレアアイテムです。
入手難度の割に効果が微妙なので、拘りが無ければ無理に狙う必要もありません。
→Thread:ノート:Wiki管理/クトゥルフのめだまページのドロップ率情報について
また、シュルームほりづめは PS版・WiiU版限定のアイテムです。
3DS版には実装されていない為、作ることはできません。