3DS版での検証ありがとうございます。
PS3版ではソナーポーションでの複数獲得表示は起きませんでした。
原因は恐らくソナーポーションでの表示がアイテム取得と同じ表示を使用しているため、アイテム獲得と誤認して加算されたものだと思われます。 3DS版では容量の節約のために区別用のフラグを消してしまった…という可能性もありますが。