設置するなどしてアイテムを使い切った際、その直後に使ったアイテムのあった位置にアイテムが入ると、入ったアイテムが消滅します。
(PS3版 1.27)
例えば、
たいまつを設置しておき、持っているたいまつをたからばこに入れるなどして、1つだけ所持した状態にする。
設置されたたいまつを○ボタンで回収、と同時に持っているたいまつを設置すると、回収したたいまつが消える。
同じように、設置されたクモのすに対して、1つだけ持っているアイテムを近くで設置するとクモのすが消えます。
それ以外にもいくつか他のアイテムでも発生した覚えがあります。
せきぞうやジュークボックスなどの即アイテム化するバグでアイテムが消失する現象と挙動が似ており、
距離が開いていたりして使用と取得のタイミングに間があると、アイテムは消えません。
逆に即アイテム化するバグを至近距離で行うと、ほぼ確実にアイテムが消えるようです。
検証お願いします。