どういう風な配線をしているのか分からないのでバグなのか良く分かりませんが、いくつか試してみました。
1つのテレポーターから3色のワイヤーで3か所に繋いだ場合はそれぞれに正しくワープ出来ました。（この場合は出力源のスイッチも3つ用意する必要有り）
ワイヤーを3本束ねた場合でも混線することはありませんが、スイッチに繋ぐ箇所だけは他のワイヤーとの間を1マス以上空ける必要があります。
テレポーター同士が1色のワイヤーでしか繋がれていないならバグの可能性が高いかもしれません。
また、「スイッチ」「あつりょくばん」「タイマー」系の出力源は、1マスではなく十字型の5マスに出力してしまうため、
他のワイヤーがその範囲を通っている場合は意図しないワイヤー側へ出力されてしまうことがあります。
ついでに、PC版wikiのテレポーターのページを参考にいくつか試したところ、CS版ではテレポーターの挙動が異なるようです。