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恐らく、スタック数1 (つまり同じスロットに一つだけ) のアイテムを使用した後のアイテムを1つ消す処理 (長いので以下「1アイテム消去処理」とします) に拾ったアイテムが巻き込まれているのではないかと考えました。
飛べないカモメさんが報告したたいまつでの方法や、せきぞうでのバグで検証した結果、スタック数1のアイテムを使用しスロットが「1アイテム消去処理」で空っぽになった瞬間に、消去したアイテムと同じアイテムが、消去したアイテムがあったスロットと同じスロットに入ると、拾ったアイテムが消滅しているという結果が得られました。
また、手持ちのたいまつがスタック数2以上の場合は発生しませんでしたが、せきぞうでのバグに関してはスタック数2の場合でも発生しました。(恐らく高速で配置される過程でほんの少しの間スタック数1の状態ができるため)
また、下記の予想を立てた際にふと思いつき、予め手持ちから投げ捨てておいたアイテム (検証には手持ちにあったたいまつ、つちブロック、せいなるインゴットを用いました) を拾う直前に同じことを実行してみましたが、こちらのアイテムでも同じように消滅していることを確認しました。また、投げ捨てておいたアイテムが2つ以上まとまっている場合にも同じことを実行した場合、拾ったアイテムが1つ消滅していることも確認しました。
(分かりづらくてすみません)
「1アイテム消去処理」に拾ったアイテムが巻き込まれる理由ですが、恐らくマルチプレイやゲーム自体の負荷でのラグの影響で使用したアイテムが減らず、結果的に増えるということを防止するため、
「1アイテム消去処理」がほんの少しの間 (恐らく4フレーム程度) 連続的に (恐らく2フレーム毎、つまり2回) 「X番スロットに入っている〇〇というアイテムを１つ消す」という処理の仕方をしているからだと思います。
そして恐らくですが、スタック数2以上 (同じスロットに2つ以上) のアイテムを使用した後のアイテムを1つ消す処理は「1アイテム消去処理」とは別の処理しているため、同じことを実行しても消滅が起きなかったのだと思います。
色々書いてしまったがために何が何やらの状態かもしれませんが、発生手順をまとめるとこのようになります。
| 手持ちにスタック数1のアイテムがある |
| ↓ |
| 先程のスタック数1のアイテムを設置や使用で消費し、スロットから消す |
| ↓ |
| 直後に先程のスタック数1のアイテムと同じアイテムを拾う(個数は問わない) |
| ↓ |
| 拾ったアイテムが(2つ以上拾った場合は1つ)消滅する。 |
意図的でなくとも発生しかねないバグですね……報告ありがとうございます。