私の場合、地下で整地していたきのこバイオーム近辺が汚染されちゃったのでそこに溶岩トラップ作って集めました。
ゾンビタイプ以外の移動速度が結構早く、全て溶岩トラップで処理できるのでアイテムが拡散しにくい。
あとは友人がやっている方法ですが、地獄の底をある程度汚染ブロックに張り替えてウォーターキャンドルを置くと、スポーン率が他のバイオームより高いらしく効率がかなり良いらしいです。
ただ、直接倒す必要がある関係で放置ができないとか。