3DS版では確認していませんが、参考としてPS版で確認した所、ミミズはジャングルやクモどうくつでは出現しませんでした。 ただしジャングルぐさを刈ると、まれにミミズが出現することは確認しました。
雨が降っている時も、恐らく地上には森林でしか出現しないと思われます。
3DS版はPS版などと一部異なる点があるので、断言は出来ませんが…。